필요한 청정도 레벨을 얻기 위하여 오염 요인물을 제거하는 것을 말한다. 이를 위해서는 여과, 세정, 헹구기 등의 공정을 사용한다. 부품의 조립을 관리구역에서 실시할 경우에는 우선, 오염 요인물을 어느 정도까지 감소시키기 위한 세정 등을 하는데 이것을 조청정화라고 하며, 관리 구역 내에서의 청정화를 정청정화라고 한다. 청정화의 수단에는 용제에 의한 세정, 헹구기가 많이 사용되나 용제 속에 부품을 집어넣고 초음파를 작용시키는 등, 대상물에 따라 여러 가지 방법이 사용된다. 클린 룸을 사용하는 데에서 중요한 것은 도입하는 공기를 청정화하는 것이다. 공기는 송풍기에 의해 가압하여 이것을 초고성능 필터에 통과시키고 관리국에 송입한다.